MAN 3 Kota Tasikmalaya lahir dari pesantren di bawah yayasan Mathla’ul Khaer. Program pesantren dengan muatan penguatan keagaamaannya menjadi ciri utama, dengan demikian ketika madrasah ini didirikan maka keunggulan yang menjadi ciri khas kepesantrenan juga dijadikan sebagai program unggulan di madrasah ini.
Diantara program unngulan yang masih dipertahankan kegiatannya di MAN 3 Kota Tasikmalaya adalah Program Tahfidz dan Sertifikasi Muatan Lokal dan Program Praktek Pengabdian lapangan, dengan harapan bahwa output MAN 3 Kota Tasikmalaya bisa melanjutkan pendidikan yang lebih tinggi ke wilayah Timur Tengah, dan atau ketika mereka kembali ke lingkungan keluarga mereka mampu berkiprah di masyarakat mempunyai keterampilan khusus dan kemandirian terutama dalam kegiatan-kegitan keagaamaan. Disamping itu MAN 3 Kota Tasikmalaya, sejak tahun 2021 ditetapkan sebagai MA Keterampilan. Program Keterampilan yang menjadi unggulannya adalah:
- Barista
- Tata Busana
- Teknik Komputer Jaringan
- Agribisnis